오키나와 본섬을 포함하는 중부 문화권과 달리, 사키시마 제도(미야코·야에야마)는 선사 시대부터 독자적인 문화적 특성을 뚜렷하게 보여주었다. 일본 본토의 구분법과 달리, 오키나와 지역의 선사 시대는 토기 등장 이전의 후기 구석기 시대와 토기 등장 이후의 조개무덤 시대(패총 시대)로 나뉜다.

사키시마 제도에서는 약 2만 6천 년 전의 핀자아부인 두개골 파편이 미야코지마에서 발견되었다. 이는 나하에서 발견된 약 3만 2천 년 전의 야마시타 동인, 구시카미촌의 약 1만 8천 년 전 미나토가와인과 더불어, 류큐 열도에 선사시대 인류가 정착했음을 입증하는 중요한 자료다.

사키시마 제도의 초기 패총 문화는 규슈나 오키나와 본도의 조몬 문화와 뚜렷하게 달랐다. 대표적 유물인 시모타바루식 토기는 두꺼운 평평한 바닥과 소뿔 모양의 돌기가 특징인데, 이는 일본 조몬 토기보다는 대만 및 동남아시아 선사 토기와 유사성이 지적된다. 당시 제작된 석기 또한 날 부분만 갈아 만든 형태로, 오스트로네시아 문화권과의 관련성이 강조된다.

약 2,500년 전부터 사키시마 제도는 특이하게도 토기를 전혀 사용하지 않는 무토기 문화로 접어들었다. 기원전 2500년경부터 서기 10세기까지 이어진 이 시기의 유적은 주로 해안 사구 지역에 집중되어 있다. 출토 유물 가운데는 샤코가이(대형 조개)로 제작된 조개 도끼가 있어, 이는 오키나와 본섬이나 규슈에서는 보기 힘든 특징이다. 이와 같은 문화는 필리핀·대만 등 남방 지역과의 긴밀한 교류를 보여주는 증거로 해석된다.

사키시마 제도가 본토 및 오키나와 본섬과 문화적으로 가까워진 것은 약 800년 전, 구스쿠 시대를 앞둔 시기부터였다. 이때 도쿠노시마산 가무이 도기, 나가사키산 돌솥 또는 이를 모방한 토기류가 나타나기 시작했다. 이후 16세기 말~1500년대에 류큐 왕국의 직접 지배가 강화되면서, 사키시마 제도는 중앙집권 체제 속에 편입되었다.

사키시마 제도의 선사 시대는 남방 문화와의 교류, 무토기 문화, 조개 도끼 등 독특한 특징을 통해 일본 본토와 오키나와 본섬과는 다른 길을 걸었다. 이는 지역적 고립 속에서 이뤄진 독창적 발전이자, 훗날 류큐 왕국으로 통합되기 전까지의 독립적인 역사적 흐름을 보여준다.

사키시마 제도는 선사 시대부터 동남아시아와 연결된 독자적 문화를 발전시켰다. 구석기 인류의 흔적, 시모타바루 토기, 무토기 문화는 그 증거이며, 이는 단순히 주변 문화의 변형이 아니라 자체적인 문화적 정체성의 발현이었다. 결국 이러한 토대가 류큐 왕국 통합 이후에도 남방과의 교역과 문화적 개방성을 지탱하는 원동력이 되었다.